一、乾嘉學派
王陽明以后，理學日益空疏虛偽，因而引起反動，產生了清代實事求是的樸學。這種實學可說是一個對理學徹底批評與推翻的運動，它以考據為中心，注重于資料的收集和證據的羅列，主張“無信不征”，以漢儒經說為宗，從語言文字訓詁入手，主要從事審訂文獻、辨別真偽、校勘謬誤、注疏和詮釋文字、考證典章制度以及地理沿革，等等，少有理論的闡述及發揮，也不注重文采，成為清代學術思想的主流學派。樸學盛于乾隆、嘉慶，故又稱“乾嘉學派”。其啟蒙運動之代表人物，有顧炎武、胡渭、閻若璩等。其全盛運動之代表人物，有惠棟、戴震、段玉裁、王念孫等。
梁啟超在《清代學術概論》中說：“綜觀二百余年之學史，其影響及于全思想界者，一言以蔽之，曰‘以復古為解放’。第一步，復宋之古，對于王學而得解放。第二步，復漢唐之古，對于程朱而得解放。第三步，復西漢之古，對于許鄭而得解放。第四步，復先秦之古，對于一切傳注而得解放。夫既已復先秦之古，則非至對于孔孟而得解放焉不止矣。”
二、科學不發展
明末以下傳入中國的西洋科學并未發生多少影響。蔣方震在為梁啟超《清代學術概論》作的序中表現如下意思：一是清政府以異族入主中原，知識分子為了逃避政治迫害，不敢研究經世致用之學，遂埋頭于訓詁考據之中。二是緣于社會之風尚，中華民族富于調和性，尊重傳統，不如西方文明富于懷疑精神，敢創新，這也是科學的一大障礙。三是中國人崇尚談玄，不善實干，中國精神是藝術的，而不是科學的。大致如此。