東漢末年，黃巾大起義失敗后，各地諸侯割據，經過長期混戰，形成魏、蜀、吳三國鼎立的局面。公元二八〇年，西晉政權完成了全國的統一，但是只維持了非常短暫的幾十年，就被少數民族統治者推翻。
從東漢末年到西晉，戰亂幾乎持續了近百年，在這段時期中，儒家經學拘泥于古今文字的辯論，不講大義。在正統的儒家信仰發生嚴重危機的時刻，一批知識精英跳出傳統的思維方式，對宇宙、社會、人生進行反思，一種新的崇尚老莊、調和儒道的哲學—玄學應運而生。其中道家占主導地位，融合了儒家學說，可以說是道家之學的新形式，所以也稱新道家。
“玄”這一概念，最早出現于《老子》一書：“玄之又玄，眾妙之門。”王弼在《老子指略》中說：“玄，謂之深者也。”玄學，即研究幽深玄遠問題的學說。魏晉玄學以簡約、精致的思辨哲學而著稱，一方面它在政治上繼承了漢儒尊崇孔子的思想，另一方面又改造了老莊哲學，可以說是儒家名教思想和道家自然思想的綜合。名教與自然的關系問題，是魏晉玄學貫穿不變的核心議題。名教是指封建的等級名分和道德規范，也可以理解為通過上定名分來教化天下。自然是指所謂人的本初狀態或自然本性，同時也指天地萬物的自然狀態。
魏晉玄學的發展大致可以分為四個階段。
第一階段是魏代的“正始之音”，正始是曹芳的年號。這時期是玄學的開創階段，主要代表人物有何晏與王弼。這兩人都是當時的貴族名士，影響所及，便成一代風氣。他們認為，整個世界“以無為本”﹑“以有為末”，認為“無”是世界的本體，“有”是各種具體的存在物，是本體“無”的表現。并認為世界的本體“無”是絕對靜止的，現象的“有”是千變萬化的，運動著的“萬有”最后必須反本，歸于“虛靜”。在政治上，崇尚老子“無為而治”的觀點，認為治理國家應該以道家的自然無為為本，以儒家的名教為末。
在玄學思潮中，《老子》、《莊子》、《周易》被譽為“三玄”，并以《老子》、《莊子》注解《周易》。《周易》雖是儒家經典，但經老莊派學者的注解，也道家化了。當時注解老莊的極多，何晏的著作為《老子道德論》及《論語集解》，王弼的為《易注》及《老子注》。
王弼出身于官僚世家，他的曾外祖父是東漢末年號稱“八俊”之一的荊州牧劉表，繼祖父則是“建安七子”之一的王粲。優越的成長環境，再加上他個人的努力，最終成就了一代少年奇才。
王弼小的時候非常勤奮好學，對于儒、道兩家的學說都有獨到的見解。他還是個少年的時候，就為《老子》作注。當時正值玄學的領袖何晏也為《老子》作注，聽說了這件事情之后，何晏便親自去翻閱。看過之后，何晏自愧不如，將自己的著作改名為《道》、《德》二論。
當時的何晏已官居吏部尚書，年齡比王弼大將近四十歲，其學術、政治地位都非常顯赫，但仍對這個二十歲不到的少年在學術上的見解贊嘆不已，認為王弼是可以與自己探討“天人之際”這樣哲學難題的人。由此可以看出，少年王弼在學術見解方面，已壓倒了他的前輩。說他是玄學理論的奠基人，名副其實。
之后，何晏推薦王弼擔任臺郎一職。不過王弼高傲不群，為人有些刻薄，時常以自己的優點和別人的缺點比較，而且說話從來不給別人留余地，得罪了不少人。加之他也不善于打理政務，沒多久便把官職丟了。
同年秋天，王弼身染重病，最終不治而亡，年僅二十四歲。
雖然王弼的人生很短暫，但其學術成就卓著，著有《周易注》、《周易略例》、《老子注》、《老子指略》、《論語釋疑》等。他的哲學思想歸結為一點，就是認為天地萬物都是以“無”為本—在有形有象的事物背后，有一個無形無象的東西在支配著它們，這個無形無象的東西稱為“無”。
“無”即自然，因此名教出于自然。王弼將名教的產生也看成是自然而然的。既然名教出于自然，那么統治者就應該根據“自然”的原則來管理國家，即“無為而治”。
根據“以無為本”的原則，在王弼的哲學里還衍生出“得意忘象”的思考方式：只重視精神而忽視形式。這對中國古代詩歌、繪畫、書法等藝術理論也有一定影響。
第二階段是竹林時期，主要代表人物為阮籍與嵇康。何晏、王弼等的思想是繼承莊子而不是繼承老子的，以虛無寂滅、超脫現實為主。在這一思想的影響下，產生了阮籍、嵇康等“清談派”。他們從道家自然無為思想出發，提出了“越名教而任自然”的主張。同時他們又都對莊子隱世逍遙的思想非常欣賞，并以消極的方式拒絕與司馬氏政權合作，表現出一種放蕩不羈的人生觀。當時有人冒列御寇之名作《列子》，內有《楊朱篇》，也提出只有快樂享受才是人生的目的和意義所在。這些思想，表面上是樂觀的，實際上悲觀厭世，消極頹廢。由清談派再發展下去，便成葛洪一派的神仙修煉之術（《抱樸子》），這是逃避現實的最后歸宿。
阮籍，字嗣宗，因曾做過步兵校尉，后世又稱他為阮步兵。歷史記載，他有一項稀奇本事，能為“青白眼”。遇到不喜歡的人，他就只瞪出白眼球；遇上尊敬贊賞的人，他才露出黑眼珠。
阮籍才華橫溢，但身處政治黑暗的年代，抱負難以實現，內心異常苦悶。在司馬氏和曹魏之間，阮籍選擇了一條中間道路，他一方面巧妙地和司馬氏周旋，不敢明顯地頂撞，另一方面又用嬉笑怒罵、利落鋒利的筆調諷刺司馬氏的陰險與虛偽。
在思想上，阮籍是推崇道家的學說的，他反對統治者利用儒家的禮教來壓迫下層民眾。這些哲學思想則主要體現在《達莊論》、《通老論》和《大人先生傳》等作品中。
《達莊論》是阮籍對莊子思想的闡發。他虛構了一個故事，假托一群信奉儒家的青年人和一位領悟宇宙人間大道的“先生”之間的一場辯論，闡明“萬物一體”的學說。他在關注人的現實生活困境的同時，吸收老莊的理論，構筑自己理想的精神境界。
在《通老論》中，阮籍總結了老子的哲學觀點，他說：“《易》謂之太極，《春秋》謂之元，《老子》謂之道。三皇依道，五帝仗德，三王施仁，五霸行義，強國任智，蓋優劣之異，薄厚之降也。”阮籍認為，道家的“道”是要勝過儒家的“仁”、“義”的，而且今人不如古人。
《大人先生傳》創作了一個生于遠古、長生不老、四海為家、天地等壽、獨求大道的人物，宣揚了老莊的超脫，攻擊“君子之禮法”。
阮籍一生從來沒有放棄過對自由的追求。在他的理想中，只有內心超越時間和空間的限制，精神才能得到徹底的解脫，擁有絕對的自由。
嵇康，字叔夜，因曾在朝中擔任中散大夫的官職，后人又稱他為“嵇中散”。嵇康與阮籍齊名，同為“竹林七賢”中著名人物。他博覽群書，無師自通。愛好音律，演奏古琴的技巧非常嫻熟，在當時是首屈一指的高手。此外，他在書法方面的造詣也很高。但是個性驕縱，超然不群，這種性格深深地影響了他的為人處世。
在哲學方面，嵇康崇尚自然，認為“自然”是宇宙本來的狀態，是一個有規律的、和諧的統一整體，其中沒有任何矛盾沖突，而人類社會又是自然的一部分，也本應是一個無利害沖突的和諧整體。他認為名教破壞了這種和諧狀態，因此在人與社會關系方面，主張“越名教而任自然”。一個人心神安寧，內心就不會充滿欲望；一個人思想豁達，情感就不會受到欲望的約束。內心不求名利，就可以超越名教的牽絆而處于自然的狀態中；情感不受欲望束縛，就能夠透徹地了解事物。
當時司馬氏集團為了篡奪曹魏政權，利用儒家禮教作為實行政治陰謀的工具。嵇康對當權派這種作為非常反感。他所反對的名教是司馬氏集團提倡的虛偽名教，并不反對維護封建綱常的名教，所以他又強調儒家禮樂的作用，認為真正的禮樂教化可以達到移風易俗的目的。
這些主張為嵇康招來了禍端，他最終遭到陷害，被當權者判處死刑。在臨刑的時候，三千太學生前來拜嵇康為師，并向當權者請愿，希望能夠赦免嵇康，但被拒絕。在生命的最后一刻，嵇康為前來送行的人們彈奏了一曲《廣陵散》，之后便從容不迫地引頸就刑了，時年三十九歲。
第三階段是西晉元康時期，為玄學的綜合期和完成期，代表人物是郭象。郭象的玄學，是在魏晉之際向秀《莊子注》思想基礎上發展起來的。郭象的玄學，以莊學為主，反對何晏、王弼的學說，提出了自己的玄學崇有論思想。他主張名教即自然的儒道合一說，認為逍遙世外與從事名教世務本是一回事，因此逍遙游并不要遁世。
就玄學時代的著作講，以郭象的《莊子注》最有價值，對莊子的自然主義與神秘主義都有充分的發揮。郭象認為，無不能生有，天地萬物都是“塊然而自生”，即所謂“獨化”之理。又說天地萬物，“彼我相與為唇齒”，“凡所有者，不可一日而相無也”。又說“治亂成敗，遇與不遇，非人為也，皆自然耳”。“承百代之流而會乎當今之變，其弊至于斯者，非禹也，故曰天下耳”，這就是說，一件事的產生，乃整個客觀環境所造成，不是一兩個特殊人物所能創作的。又說萬物彼我“相反而不可以相無”，似乎就是說明對立的統一，又說“天地萬物，無時而不移”。講到社會制度，則說“夫禮義，當其時而用之，則西施也；時過而不棄，則丑人也”。講到人性，則說“人性有變，古今不同也”。這些見解都很透徹。至于神秘主義，就是所謂“至人“或“圣人”人格的解釋，那就是忘彼我，統小大，齊死生，同是非，泯除一切差別的觀念，俯仰萬機，而淡然自若。
第四階段是東晉時期，代表人物是僧肇，核心思想是“萬物是亦有亦無，有無雙遣而并存的”。自西晉短暫的統一之后，從永嘉之亂到東晉政權建立，社會處于動蕩與分裂中，這給佛教的發展提供了良好的土壤。東晉一朝為清談后期，清談只為口中或紙上的玄言，已失去了政治上的實際作用，轉變為名士身份的裝飾，并且與佛教結合，呈現出儒、道、佛三位一體的發展趨勢，因此，這一時期也可以稱為“玄佛合流”。
僧肇俗家姓張，陜西西安人，小時候家里很窮，所以靠傭書為生。他經常幫別人謄寫、編錄典籍，因此得以博覽群書。
少年時代，僧肇非常喜愛玄理，對于老子和莊子的文章愛不釋手。一次偶然的機會，他接觸到了《維摩經》，經過仔細的閱讀和思考，僧肇確定了自己畢生的追求和目標，因此出家為僧。
僧肇出家之后，對佛經進行了深入辟理的研究，二十一歲的時候，已經得到了廣泛認可。當時，天竺高僧鳩摩羅什接受姚興的邀請，在甘肅地區傳播佛法，僧肇便慕名前往，兩人由此結緣。之后，他跟隨鳩摩羅什來到長安，開始參與佛經的繁雜翻譯工作。
在追隨鳩摩羅什的十多年里，僧肇是其門下最年輕的、在學術上最有成就的弟子。由他參與并編訂的經論，千百年來成為佛教徒眾公認的權威版本。另外，他本人還著有《物不遷論》、《不真空論》、《般若無知論》和《涅槃無名論》。
他的這四部著作，以佛教的思想為宗旨，并結合了老莊的哲理，闡述了一系列哲學命題。不僅如此，僧肇還對魏晉玄學作了總結，最后完成了魏晉玄學思維從“貴無”到“崇有”再到“合有無為一”的認識過程。
僧肇認為玄學的“貴無”思想與“崇有”思想都是偏頗的理論，“合有無為一”才是真諦。他說，客觀世界從其本體的角度來看，是虛幻不實的，因此是“空”便是“無”，但這虛幻不實的客觀世界又是可以用各種現象表現出來的，所以從現象的角度來看，又是“有”，只是這種“有”是虛假的，是“假有”。這樣，“有”和“無”就是同一事物的兩個方面，所以現象和本體應當結合起來看，不能偏執于一方。
可惜的是，他只有三十一年的生命。如果僧肇能享有高壽，對佛教思想理論上的貢獻更為廣大。
子學的興起與消沉
中國學術的精華盡在周秦諸子。章太炎說宋明理學不如佛學的精微，周秦諸子則包含了精微的哲理。馮友蘭說理學是哲學之哲學，古代只有公孫龍子追求這樣純理的學問。學者們的觀點不盡相同，但不得不說周秦是中國哲學思想最發達的時期。不但哲學思想高深微妙，遠過于后世的儒家，而且社會科學和自然科學也都在此時萌芽，如法家的政治學，名、墨、儒、法各家的邏輯學，墨家、陰陽家的天文學，兵家、墨家的軍事學等。諸子時代的學風，最可注意的是：有創作性，絕無學術腐敗問題；專家之學，易于求精；后學闡揚前哲，不為舊說所限，易于進步；各派相互辯駁，思想日益精進。
當時為什么會出現這種百家爭鳴的學風呢？
社會的劇烈變化是主要原因。春秋戰國時代，鐵質農器普遍被使用，農業、手工業空前發達，商業開始興起。大商人如弦高、計然、范蠡、呂不韋等人，不但富超王侯，而且操控政治。而舊時的貴族反而日漸沒落，由此新興豪強希望出現中央集權的政治，結束紛爭格局，以利商工的發展。另一方面，舊貴族希望恢復封建初期大小諸侯和平共處的局面，所以形成了新舊思想的對立。同時各封建諸侯國，因地利的不同，經濟發展又不平衡，如齊國有魚鹽之利，用國營的方法而致富；秦國用商鞅變法，開荒墾殖，施行軍事訓練……從而加緊了兼并弱小的趨勢，后來七雄并立，斗爭規模擴大也更為激烈，各國都想吸收人才來相助自己，所以大力提倡講學，獎賞人才成為各國通行的政策。當時的文化中心，如齊國的稷下等地，成為人才交流中心，對學術的獎賞力度相當大。
其次，知識得到普及。過去能受到教育的只有王宮貴族子弟，知識全由封建貴族壟斷。由于貴族的沒落，將知識傳播到了民眾中，比如孔子就在民間講學，因而產生了很多新的知識分子；再加上社會交通的頻繁，通商與外交的往來增多，打破了封建初期對遷徙居住的限制，使文人策士能游走于各國，達到了相互觀摩、相互促進的作用。
諸子學說，無不為“救時之弊”，因其地位不同，見解各異，形成了種種不同的方案。如墨家、法家及儒家的荀子等，都主張建立新的中央集權制；如老子，主張恢復舊時“小國寡民，民至老死不相往來”的狀態；如孔子，主張霸主們實行“尊王攘夷”的政策來恢復和鞏固封建舊秩序……總而言之，他們對現狀都不滿意，主張改良和變革。當然，如果僅僅是紛爭的局面，而沒有新興進步階層的出現，那百家爭鳴的局面也不會出現了。因而從諸子學興盛的原因，也可以推知諸子學衰微的原因了。
秦漢大一統之后，歷代帝王尊重儒術，以利祿來提倡經學，造成諸子百家的沉寂，是很重要的一個原因。然而三國六朝時代，儒學本身也很消沉，卻沒有形成學術興旺的氣候。這是因為社會生產力的停滯，社會階層沒有新的發展的緣故。秦漢之間，商業有一定發展，但生產方法沒有進步，政府又施行重農抑商政策，商業上沒有大的發展。六朝以后，社會經濟雖略有進步，生產方式大體仍停留在兩千年前的模樣，直到近代與西方各國交通以前，學術思想未有重振的跡象。
周秦時代過去后，只有東漢的王充一枝獨秀，魏晉玄學使道家思想走向庸俗化，未有大的成就。到了清朝，才有人研究諸子學，不過這都只限于訓詁考訂校勘，沒有義理方面的深入發展。對于諸子學，應有正確的認識。首先，諸子學不能成為一種科目，應當歸于中國哲學史，更確切地說，是中國古代哲學史或古代思想。其次，要注意義理的探討和時代背景的研究。