6月4日下午晚些時候，和煦的陽光照在海面上，但展現在山本和宇垣眼前的是他們做夢也沒想到的一派死亡和毀滅的情景。附近的日艦之間的聯絡也反應出局面混亂得令人寒心。
16：55，南云下令“濱風號”驅逐艦艦長折田常雄海軍中佐“與‘磯風號’一起為‘蒼龍號’護航，同時向西北撤退”。但5分鐘后“磯風號”艦長豐島俊一海軍中佐卻用無線電向第四驅逐艦分隊司令有賀海軍大佐請示：“‘蒼龍號’已失去航行能力，我該怎么辦？”
半小時后，有賀命令豐島“在‘蒼龍號’附近待命”，還問：“如果火勢得以控制，它是否還能航行？”
等到18：00仍沒有回答，有賀再次發報給“濱風號”以及“加賀號”的另一艘護航艦艇“舞風號”：“‘加賀號’和‘蒼龍號’是否有沉沒的危險，請回答。”2分鐘后，忠實可靠的豐島對第一個問題作了答復：“靠自身動力航行已沒有希望了。幸存者都已轉移至我艦。”
大約600名幸存者上了“磯風號”。由于該艦負載太大，豐島不得不命令他們不要隨意走動，以免發生傾覆。他的命令其實有點多余，因為從“蒼龍號”上下來的幾乎全是傷員，“磯風號”上一片凄慘的號哭與呻吟。許多人雖然從“蒼龍號”上死里逃生，結果卻在“磯風號”上命歸黃泉。不斷有人死去，尸體被一具接一具地抬進一個單獨的艙室。
18：30，正當中途島的轟炸機向機動部隊的巡洋艦發動攻擊時，南云收到“筑摩號”燈光信號報告說，4艘敵航母及其護航艦艇正向西航行。顯然是由于這些令人不快的動向，有賀才無可奈何地給守護“赤城號”和“蒼龍號”的驅逐艦發報說：“各艦要保護自己分管的航母，防止敵潛艇及特混艦隊的襲擊。如敵特混艦隊真的來攻，就采用打了就跑的戰術消滅之。”
這樣的信任實在是令人傷心——命令兩艘驅逐艦與一支特混艦隊交戰并消滅之，可是這兩艘艦上滿載著數百名死里逃生的幸存者，其中許多是傷員，而且艦體的吃水已齊到舷邊上緣。
當落日開始把它那美麗的粉紅色余暉輕輕地撒向太平洋時，保護“蒼龍號”的驅逐艦正與它保持著一段距離，小心翼翼地繞著它航行。一架美PBY在炮火射程之外盤旋，跟蹤這艘受創的航空母艦，但并無攻擊企圖。19：00左右，“蒼龍號”上的大火似乎有所減弱。幸存者中官階最高的軍官著手組織人員滅火，企圖回到母艦去拯救它。準備登艦的人員還沒動身，該艦上又發生一次劇烈爆炸，把驅逐艦震得猛烈搖晃。一股通紅的火苗直沖被夕陽映紅的天空。它似乎是“蒼龍號”的英魂，正掙脫那受傷的鋼鐵軀殼而直沖云霄。驅逐艦上有人本能地高喊著向它告別：“‘蒼龍號’萬歲！”聽到這一聲喊的人，個個熱淚奪眶而出，都跟著喊起來。“蒼龍號”漸漸無聲無息地從海面上消失了。大約10分鐘后，幸存者們又感到水下發生一次猛烈爆炸。隨后海面逐步恢復了平靜，夕陽把空蕩蕩的海面照得通紅。
在幾海里之外的藍色海面上，“鸚鵡螺號”潛艇的潛望鏡留下了一道白色浪跡。布羅克曼海軍中校站在自己的崗位上，津津有味地看著這艘他已跟蹤近3小時的航母逐步停下來。航母的艦體平穩，艦殼似乎沒有受損。起初他看到的烈火和濃煙似乎得到了控制。他還看見艦首前方海面上有只小船，有人企圖把一根拖纜甩上去，另外他還看見前甲板上很多人在忙碌著。
在布羅克曼面前有3個可供選擇的攻擊目標——受損的航空母艦和它的2艘護航艦艇。它們在那艘航母前方約2海里處，被布羅克曼當成了“巡洋艦”。他認為“鸚鵡螺號”靠蓄電池為動力，無法對兩艘快速“巡洋艦”進行長距離追擊，所以就決定結束這艘航母的性命，免得它的艦員把它修復或拖走。他謹慎地以潛望鏡深度接敵，向航母靠艦橋的右舷方向迂回，以尋機攻敵。他和軍官們反復核對日美雙方航母側視圖，滿意地發現那是一艘“蒼龍”級航母。
實際上，布羅克曼對這幾艘艦艇的識別是大錯特錯的。被他認為是“巡洋艦”的那兩艘其實是“萩風號”和“舞風號”驅逐艦，那艘航母是“加賀號”，其上部結構和“蒼龍號”一樣在艦右側。雖然“加賀號”比“蒼龍號”大得多，但從潛望鏡看到的“加賀號”很容易被誤認為是“蒼龍號”，而不會被當成“飛龍號”，因為“飛龍號”的上部結構在左側。
13：59，布羅克曼在距那航母3400碼處發射了第一枚魚雷，又在稍近處發射了另外兩枚魚雷。他確信3枚魚雷全部命中，因為14：10敵航空母艦通體是火。
這個錯誤不難理解，一廂情愿的如意算盤是個重要原因。實際上有兩枚魚雷脫靶。當一枚魚雷直撲“加賀號”而來時，通信參謀三屋看見一道翻滾的白色浪跡，心想這下這艘航母要壽終正寢了，于是屏氣默禱起來。他的禱告有了靈驗，因為那魚雷擊中艦體后斷成了兩截，沒有爆炸。它的彈頭沉了下去，但后半截像一塊巨大的軟木浮出了水面。在附近踩水的幾名幸存者向這只天賜的救生筏游去，感恩戴德地抓住它，其中還有個人爬上去騎在它上邊。看見自己的同伴把美國魚雷當馬騎，這些落水者不禁哈哈大笑，一時忘卻了眼前的煩惱。
布羅克曼看見的那場大火，也許是航空母艦上厚厚的油漆涂層燃燒所致。火從下午開始燒，接著蔓延至全艦。在隨后的兩個小時里，“鸚鵡螺號”的日子很不好過。它在全力規避“萩風號”長時間、近距離的深水炸彈的攻擊。“萩風號”艦長巖上次一海軍中佐熟練自如地指揮自己的驅逐艦，如果深水炸彈投放得再深一點，那么“鸚鵡螺號”的歷險就到此結束了。實際上，潛艇里發生了幾處小滲漏。艇員們曾聽見潛艇上方一陣奇怪的響聲，仿佛有人在艇身上拖了一根鏈條。甲板上曾兩度傳來重物撞擊的悶聲。聲吶操縱手報告說，指示器上到處顯示有螺旋槳的響聲。原來這時正是“萩風號”從它上方駛過。
“艇長，真是誠則靈啊！”一個炊事值勤兵在“鸚鵡螺號”脫離危險海區后虔誠地說。在此后很長一段時間里，他每天都要準備一段布道的說教貼在布告欄里。
與此同時，“加賀號”上天谷海軍中佐的消防人員與不斷蔓延的烈火繼續搏斗，但越來越無濟于事。易燃的油漆把大火引向全艦的各個部位，誘發了炸彈庫以及機庫里炸彈和魚雷的爆炸。劇烈的爆炸氣浪把人，甚至把艦上的鋼板，都像火柴桿一樣掀進了大海。
病員艙里，一位年輕少尉帶著幾名衛生兵在奮戰。大火阻斷了他們同艦上其他部位的聯系。少尉命令一個姓岡本的衛生兵想辦法把傷員轉移到安全的地方，岡本找了一通之后向少尉匯報說，所有通道都被阻斷。少尉說了聲“謝謝，你費心了”，隨即無可奈何地閉起眼睛。
但一位老資格的士官說：“我們不能束手待斃，可以從舷窗出去。”衛生兵把傷員從舷窗往外推時，天花板已經著火。他們盡量多推出一些傷員，接著他們自己也脫了險。這名英勇的士官急中生智，救了許多人的性命，但他自己紋絲不動。他知道自己塊頭太大，不可能從舷窗擠出去。岡本爬出舷窗，縱身跳進海里，被一艘驅逐艦救起。
時間已刻不容緩，天谷必須作出決定，而且是個非常難作的決定。他不是海軍，但憑自己的常識，他覺得他和他的航空兵弟兄們不但幫不了“加賀號”的忙，反倒成了累贅。他們對于這艘大型航母的復雜操作技術一竅不通，更何況這又是一艘受了重創的航母。現在誰也沒時間教他們。不過富有實戰經驗的海軍航空兵也是寶貴的財富，他們將來更加難得。天谷的理智和實事求是的愛國精神支配著他，要他帶著飛行員們離開“加賀號”，準備重新戰斗。
但是另一方面，天谷也感到一股難堪的壓力，使他想到了自殺，因為處在他當時那種境況，自殺符合日本人的傳統做法。不管他是航空兵還是什么兵，因為官階最高，他擔任了“加賀號”的指揮。在帝國海軍中，當時仍保持著古代的傳統：艦長與艦艇共存亡。日本男子認為，他們是神明所選中的，屬于優等民族，比其他人有教養。他們頭腦中的這一自我形象是根深蒂固的。他們認為任何結局都比成為眾矢之的好。日本的宗教、法律及社會習俗都不反對自殺——而是恰恰相反。天谷想，人早晚總有一死。如果一死了之，他對“加賀號”及其艦員、對自己飛行員所負的責任就會一筆勾銷，而且還能在靖國神社里占上一席之地，成為帝國的守護神受到天皇祭祀。他的全家也會因此得到榮譽，受到優待。如果逆此傳統而行，則需要實事求是、思維清晰和勇敢無畏三者兼而有之的特殊品格。
天谷完全具備這幾種素質。“加賀號”已無法挽救，這已越來越明顯。天谷命令飛行員和地勤人員盡可能離開這艘航空母艦。16：40，他下令棄艦后，自己也跳進海里，向一艘驅逐艦游去。后來他曾解釋說：“盡管我們一直受到這樣的教育：日本海軍軍人即使在最危險的情況下也不能離開艦艇，我還是作出了棄艦決定，因為我認為，這些技術熟練的飛行員死了是無法補充的，應當把他們保留下來，將來他們可以再次參戰。我認為這才能更好地為天皇效力。同時我還認為，艦艇的命運最好由艦長或在他陣亡后由接替他的指揮官來決定。”
17：15，“萩風號”電告有賀：“天皇的御像已安全轉移到我艦。因水兵們都接到棄艦命令，我艦已將他們全部收容。”這項報告不很準確。航空母艦上有800余名人員或已陣亡，或被烈火封在甲板下無法脫身。
17：50，另一艘護航驅逐艦“舞風號”電告南云：“‘加賀號’已無法行動，幸存者都被接上我艦。”南云旋即將此慘訊向在西邊很遠處“大和號”上的山本作了報告。
10分鐘后，“鸚鵡螺號”再度升起潛望鏡觀察戰場的情況，看見那艘航空母艦上濃煙滾滾，黑色煙柱高達1000英尺。觀察到這一情景的那位軍官認為，這一場面與珍珠港事件中“亞利桑那號”遭襲后起火燃燒的情形很相似。從“加賀號”上下來的人看見航母上濃煙升騰，時而冒出長長的火舌，無不淚流滿面、悲痛萬分。“加賀號”也像“列克星敦號”一樣曾經是一艘使人愉快、惹人喜愛的艦船。19：00，三屋看見它由于兩次劇烈爆炸，似乎要躍出水面。接著，它開始下沉，但它的艦體始終保持著平穩。它于19：25完全沉沒。
16分鐘后，“鸚鵡螺號”浮出水面，發現那艘航母已不見了蹤影。這時它的蓄電池電量已用盡，于是回到巡邏海區。42顆深水炸彈都沒傷著它。潛艇上的人誤認為他們擊沉了“蒼龍號”，個個喜笑顏開。
在“蒼龍號”和“加賀號”沉沒后的較長一段時間里，“飛龍號”還沒到不可收拾的地步。21：00，“卷云號”驅逐艦還向南云報告說：“‘飛龍號’航速可達28節。”然而，由于艦橋上難以立足，無法進行駕駛，這艘軍艦終于停了下來。艦橋外的懸吊彈盾著了火，山口、加來和參謀們被迫撤到飛行甲板上，聚集在靠艦橋后部左側的地方，艦橋前面的飛行甲板上烈焰騰騰，鋼質鉚釘像雪一樣融化，火舌透過鉚釘孔向里鉆。
“卷云號”盡量靠近“飛龍號”——可是由于靠得太近，它的桅桿被已向左傾斜15°左右的航母撞斷。海面上波濤起伏，救援工作特別困難。傷員中有上午襲擊中途島后帶著腿傷返航的加藤覺海軍大尉。他被轉移到驅逐艦上后，由于傷腿必須進行截肢，他們在艦上的洗澡間里給他作了鋸腿手術。
久馬盡量與他手下的輪機艙人員保持聯系，但所有逃生通道全被大火封住，所以他只好通過傳聲筒大聲鼓勵他們：“要堅持！堅持下去！”他聽到的最后一聲回答是：“沒有特殊情況要報告。”后來他又多次想恢復聯系，都沒成功。他認為機艙里的人已全部犧牲。其實這時他們已全部轉移到附近一個沒有傳聲設備的艙里。
大火唯一沒有燒到的地方是飛行甲板的左后部。這時活著的人全部聚集在那里。久馬向首席參謀伊藤建議，無論如何也要把山口轉移到安全的地方，必要時拖也要把他拖去。
伊藤答道：“即使把他硬拖下去，我敢肯定這個意志堅強的將軍以后還會自殺，因為他已決心與艦共存亡。比較妥善的辦法還是讓他自己決定。”
當時，所有參謀都表示愿和長官生死與共，并推舉伊藤為代表將眾人的意愿轉告山口，但山口堅決反對，他對伊藤說：“諸位愿與我同生共死的美意使我不勝感動，甚為欣慰。但你們年輕人必須離艦。這是我的命令。”
5日凌晨02：30，加來下令“棄艦”。20分鐘后，山口和加來向艦上大約800名幸存者作了訣別講話。山口講的大意是：他身為第二航空母艦戰隊司令官，對“飛龍號”和“蒼龍號”的損失應負全部責任，因此他決意留下。但他命令他們全部離艦，以繼續報效天皇。他講完后，眾人“對天皇表示了敬意，高呼萬歲，隨后降下了戰旗和帥旗”。
儀式進行完之后，伊藤根據久馬的建議，向山口將軍求索一件紀念品。山口脫下軍帽遞給伊藤，接著又和加來一起與參謀們作訣別之飲，喝的是從旁邊一艘驅逐艦上送過來的一小桶水。
加來于凌晨03：15，即宣布“棄艦”45分鐘后，下令全體撤離。這道命令已不能再晚了，因為此時航母實際已成了一座“浮動的化鐵爐”。不過，撤離工作進行得從容不迫，有條不紊。32伊藤和久馬兩人最后撤離。他們順著掛在左舷邊的一根繩索攀援而下，上了一只小船。這時久馬再也忍不住了，眼淚撲簌簌地直淌。從1940年12月起他就跟著山口，在他手下工作的時間比其他參謀都長，他所崇敬的將軍還在艦上，他是不忍心離開的。他說：“長期以來，我一直很崇拜他。我至今還認為，他是我一生中所遇到的最了不起的人。”
山口走上了天谷所勇敢否決的那條自殺道路，成了日本家喻戶曉的傳奇人物。哪個日本人要是對山口說三道四，那就等于承認自己不喜歡喝茶、討厭櫻花，是令人咋舌的。但是，只要不是感情用事的人都可以看到，山口讓自己的參謀人員以及800名艦員在煙火彌漫、嚴重傾斜的航空母艦上站上半個多小時，一味地只想著殺身成仁，這無疑是幫了敵人的忙。在總結中途島戰績時，歷史女神克利俄把日本方面損失了山口這樣有魄力、有前途的海軍將領列入了美國方面的重大戰果。
04：30，撤退完畢。05：10，“卷云號”發射魚雷擊沉“飛龍號”。“卷云號”艦長藤田勇海軍中佐已無暇觀察航母的下沉情況，因為他收到第十驅逐艦分隊司令阿部俊雄海軍大佐的命令，要他立即駛離，趕上聯合艦隊。
“飛龍號”的故事還沒有到此結束。07：30，宇垣致電阿部：“‘飛龍號’是否已沉沒？希望報告事態發展情況及該艦位置。”南云聞訊后立即派“長良號”上的一架飛機飛往擊沉“飛龍號”的海面上空，以查明這艘被棄航母的現狀。飛機到達該海域上空后，看到的只是一片汪洋。但是，與此同時，從奉“大和號”之命尋找機動部隊的輕巡洋艦“鳳翔號”上起飛的一架飛機，發現“飛龍號”仍然漂浮在海上，并且拍下了幾張照片，更重要的是，該機還報告說，在燒壞的艦上還有人。
山本將此訊轉告南云后，南云立即派“谷風號”驅逐艦去營救幸存者，并說如果“飛龍號”還漂在海上，就將它摧毀。但本書很快就要談到“谷風號”遭到斯普魯恩斯的俯沖轟炸機襲擊的情況。等勝見基艦長擺脫敵機時，“飛龍號”已永遠消失了。
當然，“飛龍號”沉沒時，并不是在艦上的人都死了。6月18日，一架巡邏的美PBY向中途島報告說，發現一個救生艇上面有人。賽馬德立刻派水上飛機供應艦“巴拉德號”趕赴現場。該艦此行沒有白跑，因為它抓到了一批俘虜。他們是“飛龍號”的輪機長和另外34人，其中大部分是機艙人員，少數幾個鍋爐房人員，還有一名電工。至少有兩名俘虜跟美國人說的是假名字，因為“飛龍號”輪機長是相宗邦造海軍中佐，而美國人審訊記錄上寫的卻是榮造中佐。62幾乎可以肯定，那個自稱“梶島”的海軍大尉就是淵田的老朋友金崎和男。他后來對淵田說，他被俘虜后用了假名字。除此以外，在中途島上接受為期兩天的審訊中，他們都表現得非常坦率，問他們的問題也都只是些“有直接戰術價值的”。
他們向美國人提供了準確而有價值的情報。不過，關于他們自己如何脫險一事也許更加有趣。他們顯然還不知道“飛龍號”已被擊沉，也不知道是什么把它擊沉的。他們被輪機艙里的煙嗆得實在憋不住了，就沖到上一層甲板。上去之后，他們發現艦上只剩下他們這些人了，以為上司把他們甩下不管了，心里很反感。其中“梶島”更是如此。他們既沒看見加來，也沒看見山口，只看見“鳳翔號”那架飛機，以為有了得救的希望，情緒有所好轉。他們跳進海里，向一只救生艇游去。“飛龍號”這時正在下沉。他們有3個人的手表是日本時間06：07-06：15之間停的，由此可見，“飛龍號”的沉沒時間是6月5日09：00左右。
救生艇上有硬餅干、奶油、水和啤酒。顯然，輪機長認為，即使在救生艇上也是“官階高的享有特權”，因為他自己“略有些多吃多占”，有些俘虜對審訊他們的人透露，他們曾因此而想把當官的扔進海里。這批人原有39個，后來有4個在海上的長期磨難中死去，還有1個死在“巴拉德號”上。其余的全部被空運到珍珠港，然后轉送至美國本土各戰俘營。戰俘們都不愿再回日本了，也不愿讓日本政府知道他們被俘的事，而寧愿被當成隨航空母艦一起遇難的人。