康熙十四年七月丁亥朔，命將軍阿密達等速定平涼。阿密達奏言：王輔臣親領精銳及秦州逃出余孽畢集平涼，慶陽群盜依山結壘。臣以孤軍前進，恐未易奏功。乞敕將軍貝勒洞鄂等酌量留兵駐守秦州，余兵盡會平涼；提督陳福及鄂爾多斯兵，令其攻取定邊、固原并遏賊慶陽之援。臣率在涇兵出白水，由平涼東面進攻，則下平涼較易。上諭曰：兵貴神速，機不可失。平涼逆賊聞大兵克取秦州，眾心驚擾；我兵宜乘勝長驅，攻取平涼。將軍阿密達逗留不前，殊屬非宜！前曾添發兵馬，近總督周有德又將紅衣炮運送平涼，阿密達當克期攻取；如勢有未便，當移會大將軍貝勒等會商夾剿之策。再敕提督陳福速取定邊、固原，將軍畢力克圖等急定延安，移師平涼會剿。
庚寅，諭赦耿昭忠等罪。上諭吏、兵二部：耿精忠背恩附逆，煽亂閩疆，荼毒生靈，罪惡重大；兄弟親屬，律應不赦。但念其祖耿仲明于太宗文皇帝時航海歸誠，效力行間，著有勞績；其父耿繼茂于世祖章皇帝時亦效力行間，鎮守邊陲。今精忠雖行同禽獸，上負國恩；其弟昭忠、聚忠及親屬下人等道途越隔，實未同謀，竟爾株連，朕心不忍！其概從寬典，盡釋之。所有官爵，悉令如故。
臣謹按：負國之賊，必加以族誅，用懲亂逆。耿精忠世受深恩、叨襲王爵，不思竭誠守節、報塞高厚，乃妄行煽亂、荼毒封疆，惡極罪大；戮及九族，于法允宜。況昭忠等系精忠親弟，尤不可赦。而我皇上猶憫其先人曾經效力，且念昭忠等道途隔遠、未與同謀，免死宥■〈自上辛下〉，俾服職如故；即其它逆犯族屬、法應同坐者，往往予之寬貸，不忍悉誅：如天好生之仁，誠度越千古矣。
將軍畢力克圖奏復延安。畢力克圖率兵自綏德趨延安，六月二十五日逼城而陳賊宵遁，遂入延安；乃分兵追賊，于宜川縣斬獲甚眾，連復宜川、保安、塞安、安定諸縣。
申諭王輔臣。敕曰：吳三桂為逆，人心驚擾，懷疑瞻顧者多；惟爾知守臣節，出首逆書，遣子繼禎入奏，朕甚嘉之！是用錫爾世職、官爾子卿貳，以勵忠悃。后經略莫洛率師進蜀，調遣失宜，變生倉卒；爾被逼脅，陷于叛亂。朕聞之，未忍加誅，即遣爾子往諭。蓋謂爾封疆舊臣、屢受國恩，自當悔禍來歸；不意爾反生疑畏，竊踞如故，殊負朕至誠惻怛之懷。近大將軍率諸將已破秦州，蜀寇相率竄遁；平逆將軍又取延安，蘭州、鞏昌以次底定。大兵云集，平涼滅在旦夕。但平涼兵民皆朕赤子，克城之日必多殺傷；以爾之故而驅民于鋒鏑，朕甚不忍！今復勒爾自新；若果輸誠而來，豈惟洗滌前非，兼可勉圖后效。爾標下官兵及地方文武官民，諸當坐者，概行寬宥；其拘留祝表正之罪，悉赦除之。朕為百姓主，務期保全，以靖民生；慎毋惛瞀，自干天討。負此殊恩，雖悔曷追！爾其欽哉！
臣謹按：行師之道，撫剿不同；至于戡亂安民，其意一也。時王輔臣負恩反叛，稱兵秦、隴之間；六師致討，無難撲滅。而皇上念叛寇固當殲除，但陷賊良民皆吾赤子，慮兵威所及，玉石俱焚；故先遣其子往彼宣諭，旋頒敕旨特行招撫。迨輔臣執迷不悟，復陳利害以曉示之。諄切再三，必開以自新之路者，蓋欲免秦民之涂炭，亦所以保全輔臣也。使輔臣稍有人心，捧誦德音，自當感泣悔罪，束身請降。夫何反復成性，狙詐多端；累次招徠，終不悛改。皇上鑒度情事，謂非以兵威重創之，不能使之革面；乃授圖海為大將軍，往督官軍，大敗其眾于平涼城北。輔臣惶迫，始俯首來歸。皇上撫剿兼施、恩威并用，神武不殺之概，于茲益著矣。
丙申，命都統噶爾漢為鎮安將軍，帥師駐河南；副都統龔圖等帥師自河南赴荊州，尚書科爾擴岱等帥師守兗州。時理藩院尚書阿穆瑚朗奉命調科爾沁等部落蒙古兵三千人，期以八月先后入京。上諭：授都統噶爾漢為鎮安將軍，率每佐領護軍一人、蒙古兵一千七百人駐守河南。令副都統龔圖等率見在河南滿洲蒙古兵赴荊州；此兵到日，或遣往彝陵、成分荊州兵遣往，聽大將軍順承郡王等酌量以行。復令散秩大臣博羅特率蒙古兵六百人赴兗州，付副都統額赫訥管領；其后至蒙古兵七百人，尚書科爾擴岱率往兗州駐防。尋噶爾漢將行，上召人，面諭之曰：爾所率蒙古兵馬雖不甚肥健，今野多青草，必不誤師行。聞前發蒙古兵卒沿途頗肆擾掠，此行爾其加意嚴禁，毋侵奪民物；凡行軍駐營，俱令與滿兵相近，勿得遠離。
癸卯，西寧總兵官王進寶奏復蘭州。官兵圍蘭州，賊數路出，進寶率官兵分御力戰，賊大敗，奔入城；又造木筏百余，將渡河遁，進寶設兵沿河邀之，賊計窮，偽總兵趙士升等于六月二十六日率偽官兵以城降，原任布政使成格同筆帖式二人來歸。尋命逮成格等至京師，拘禁之；后伏誅。
甲辰，將軍侯張勇等奏復鞏昌。叛賊陳可等竊據鞏昌，張勇與巡撫華善圍之，兩月不下；會秦州已克，將軍穆占等率兵來會，賊知勢窮援絕，遂降。
乙巳，提督陳福復定邊。陳福同蒙古貝子達爾扎各臺吉、郎中額業圖等圍困定邊，擒叛將朱龍父子于沙家澗，斬之；定邊遂平。
丙午，命諸將分道攻平涼。時王輔臣再疏奏言：皇上念及兵民，概從赦宥；但如何撫輯，天語未及。在事兵將，未免瞻顧。上諭曰：前頒敕諭，官兵百姓一概免罪，炳若日星。且秦州諸處投誠官兵俱已安插得所，逆賊王輔臣豈不聞知！若果傾心投誠，當遣伊子王繼楨或標員赍奏；今不遣來，而本內之詞又復驕倨，是則借端推托，特為緩我大兵之計。著將軍侯張勇速赴秦州，會同大將軍貝勒洞鄂等酌量留兵防守秦、鞏等處，速行進取平涼；提督陳福速取固原，夾攻平涼；將軍畢力克圖統領官兵，速赴將軍阿密達軍前；都統海爾圖等速運紅衣炮赴平涼，仍固守隴州，斷賊后路。
命紀大將軍安親王岳樂等失利罪。岳樂等既克建昌，欲平附近余孽，令都統霍特等取石峽村；六月二十五日，霍特等率兵至石峽，時天暑甚，賊伏兵從兩山出，我軍陳亂奔卻，署副都統雅賚等戰沒，霍特等退保新城。岳樂以其狀聞，上命事平察議。
臣謹按：初，安親王岳樂之既克建昌也，上以時方盛暑，命率大將軍還南昌息兵秣馬，俟秋涼候詔指揮；此誠審時度利、萬全之勝算也。岳樂宜恪遵成命，俟時而動；乃狃于小利，遣兵急攻石峽，卒以沖熱致人馬疲困，損將喪師，無不如睿慮所料者。皇上于萬里之遠，瞭若目前；而岳樂身在軍中，昧于從事。于此益見圣算如神，非諸將所能仰窺也。
戊申，戒諭大將軍貝勒洞鄂等。上諭洞鄂等：國家仰承天眷，秦州、鞏昌、蘭州諸處相繼收復，朕甚嘉悅！此皆保寧還旆之兵間關跋涉，戮力效命之所致也。爾等當時時軫念勞苦，方見恤下之恩。爾等將兵在外，諳練已久；事無大小，務期協和持平而行，乃克有濟。亦知爾等必體朕意，不為己利；但所慮如此，故加告誡。將軍張勇勞績甚茂，慎勿輕侮，致滋嫌隙。爾等殫心謀國，運籌制勝；尚期一德同心，早奏蕩平，以副朕倚毗至意。
己酉，調兵守潼關險要。總督哈占奏：興安游擊王可成等于本月初八日復叛，總兵官黨塞及道官興永朝奔至西安。請移潼關綠旗兵守商州，遣臣標綠旗兵守舊縣關及子午、太乙二峪，分省城滿洲兵守潼關；總督鄂善、巡撫張德地停赴延安，留守省城。上諭：先因將軍畢力克圖自延安赴將軍阿密達軍前，延安系新復之地，安撫殘黎、保固疆土，事極緊要；故遣鄂善等速往。今省城見有副都統德業立等兵，鄂善等至今未行，殊屬不合！諭到，鄂善等仍著速赴延安。興安兵既叛，潼關地屬最要，應檄駐太原將軍烏丹分兵潼關，同夸蘭大鄂爾博西等協力固守。余悉如哈占請。
辛亥，詔增荊州彝陵兵。時大將軍順承郡王勒爾錦奏：荊州兵少，今雖調副都統龔圖兵援荊州，未能即至；乞令龔圖移駐南漳，更調南漳、襄陽滿洲蒙古兵就近來援。上從之。既勒爾錦又奏：彝陵賊進據江渚，火器甚多；我兵須多用鳥槍居前、步騎續進，乃可長驅。乞調發綠旗鳥槍手三千人并就近撥滿洲兵速赴軍前。上諭：逆賊吳三桂見在松滋，大將軍貝勒尚善疏言廖、祖二賊復以賊七千余前至松滋，則荊州、彝陵兵力似屬單弱；撥岳州兵內每佐領一人速赴荊州，著見駐兗州護軍統領察哈泰盡率滿洲漢軍兵、河南提督佟徽年選標下鳥槍手三千人并赴荊州，聽大將軍順承郡王勒爾錦調度。
壬子，命平南親王尚可喜等討叛賊祖澤清。總督金光祖奏：總兵官祖澤清以高州叛。上諭：將軍尼雅翰見統兵駐廣東、前鋒統領舒恕亦率兵前往，著平南親王尚可喜、將軍尼雅翰、總兵金光祖等會商撲剿，毋使賊得滋蔓；仍嚴飭沿邊將弁固守地方。
癸丑，將軍侯張勇請還師防邊，上不允。張勇奏：彝情叵測，久蓄內犯之心。今聞大草灘帷幕滿野麾不去，實因臣奉命東征，乘虛窺伺。乞許臣還駐莊浪，以便兼轄。上諭：秦州、鞏昌、蘭州諸處雖次第恢復，而底定全陜惟在速取平涼。逆賊王輔臣一日不滅，則秦省百姓一日不安。將軍侯張勇應同大將軍貝勒洞鄂等會商速滅輔臣、定平涼，不宜還駐莊浪。如彝人果顯然作惡、擾害邊民，即令總兵官孫思克回甘州防御。